第四次忍界大戦から二年。「めんどくせー」が口癖であるシカマルは今や、木ノ葉隠れの里、そして忍連合においても責任ある立場となり重要な仕事を任せられていた。仕事に忙殺される日々が続き、いつしか雲を見ることすら忘れ自分らしさを失っていくシカマル。そしてある日、忍が大量失踪する事件が勃発し、シカマルは自分らしさからは程遠い“暗殺任務”へと赴くことになる。
フルートレッスン
異空間でのカグヤとの戦い。 カグヤを封印するにはナルトとサスケが力を合わせる必要があるのだが、サスケだけが別の空間へと飛ばされてしまう。しかしカグヤの時空間を移動する能力が、カカシやオビトの瞳術“神威”に似ていることを突き止めたオビトの作戦により、ナルト、サクラ、オビトの三人は他の五つの空間に繋がる始球空間（しきゅう くうかん）へ入る事に成功する。そしてサクラとオビトは力を合わせ、サスケが飛ばされた空間を探し始める。